Mayatnya yang hangus ditemukan di hutan di Yerusalem hari Rabu kira-kira satu jam setelah ia dipaksa masuk ke sebuah mobil oleh penculiknya. Ayahnya mengatakan, mayat putranya itu dibakar sehingga tidak dapat dikenali dan hanya dikenal lewat pemeriksaan DNA.
Saksi warga Palestina mengatakan mereka melihat Khudair dipaksa masuk ke sebuah mobil oleh tiga orang Israel sebelum dibawa pergi.
Polisi Israel belum mengetahui siapa atau mengapa Khudair dibunuh. Dan sedang menyelidiki apakah pembunuhan itu sebagai tindakan pembalasan atas pembunuhan sebelumnya atas tiga remaja Israel yang dikatakan diculik oleh HAMAS.
