Presiden Indonesia Megawati Sukarnoputri telah mengecam ancaman yang dilancarkan sekelompok Muslim radikal. Mereka mengancam akan menyerang warga Amerika di Indonesia apabila Washington melancarkan serangan militer terhadap Afghanistan. Presiden Megawati mengatakan hari ini ancaman oleh kelompok-kelompok tertentu di negeri ini mencemarkan nama Indonesia di kalangan internasional. Ia menghimbau agar warga Indonesia menghormati warga asing yang sedang mengunjungi Indonesia. Indonesia merupakan negara Islam terbesar didunia, dan secara resmi pemerintah Indonesia telah mengecam serangan teroris 11 September. Tetapi kelompok ekstrim Muslim di Indonesia, yang setiap hari melakukan unjuk rasa, telah mengancam akan melancarkan perang jihad apabila Amerika melancarkan serangan terhadap Afghanistan untuk menangkap tersangka utama teroris Osama bin Laden. Beberapa kelompok di Indonesia bersumpah akan menyerang warga Amerika dan kepentingan-kepentingan Amerika di Indonesia.