Pondok Pesantren "Al Mukmin", Ngruki, pimpinan Abu Bakar Baasyir membantah terlibat dengan Khilafatul Muslimin. Ponpes ini menilai tudingan pemerintah terkait pimpinan organisasi itu sebagai salah satu pendiri pondok pesantren itu, dan kedekatan dengan Baasyir, adalah tidak benar.