Para penyidik di Indonesia telah mengaitkan tersangka utama terorisme, Hambali, dengan serangkaian pengeboman di seantero negara Asia Tenggara itu sejak tahun 2000. Kepala badan Reserse dan Intelijen, Jenderal Erwin Mapasseng mengatakan, Hambali – yang bernama asli Riduan Isamuddin – mengkoordinasi rangkaian peledakan bom Malam Natal tahun 2000. Jenderal Mapaseng mengatakan, Hambali juga memiliki kaitan dengan serangan-serangan bom di Medan Sumatra Utara awal tahun 2000, serta peledakan bom bulan Oktober di Bali. Menurut Jenderal Mapasseng, tersangka pelaku teror yang tertangkap itu memiliki sekitar 300 anak buah yang dilatih di luar negeri.