Pemerintah dan para pakar terorisme di seluruh Asia Tenggara menyambut baik penangkapan Hambali, tetapi mereka memperingatkan bahwa kaum ekstrim lain mungkin sudah menunggu untuk menggantikannya. Perdana Menteri Australia John Howard mengatakan kepada wartawan dalam perjalanan ke Selandia Baru kemarin bahwa tertangkapnya Hambali akan merupakan pukulan besar terhadap jaringan teroris sedunia. Howard menyebutnya ikan kakap yang sangat besar dan penghubung utama antara Jemaah Islamiyah dan Al-Qaida. Menteri Luar Negeri Indonesia Hassan Wirayuda menyambut berita tertangkapnya Hambali, dengan mengatakan ini memperkuat usaha bersama untuk menyerang terorisme. Tetapi, Menteri keamanan Singapura, Tony Tan, memperingatkan bahwa negara-negara di Asia Tenggara harus tetap waspada akan kemungkinan serangan teroris. Sementara, Menteri luar negeri Selandia Baru Phil Goff mengatakan mungkin sudah terlambat untuk menghentikan setiap serangan yang sudah direncanakan. Di Indonesia, ketua PBNU, Hasyim Muzadi, juga menyambut penangkapan itu. Tetapi, Muzadi, mengatakan ribuan orang seperti Hambali akan muncul kalau faktor-faktor yang menimbulkan terorisme tidak ditanggulangi. Sebagai contoh, ia menyebut kebijakan Amerika di Timur Tengah.