Para tokoh aktivis Muslim dan Arab di Amerika mengutuk serangan teror terhadap New York dan Washington hari Selasa. Direktur Komunikasi Komite Hubungan Amerika-Islam yang berkantor di New York disingkat CAIR, Ibrahim Hooper, mengatakan semua Muslim di mana saja mengutuk serangan-serangan keji dan pengecut itu. Hooper juga menghimbau penangkapan dan hukuman segera terhadap para pelakunya. Dewan Muslim Amerika, juga berkantor di Washington, menyatakan rasa duka mendalam atas kematian dan korban luka-luka akibat tindakan teroris itu. Institut Arab Amerika, organisasi Arab di Washington, menggambarkan terorisme itu sebagai mimpi buruk nasional. CAIR dan Istitute Arab Amerika juga memperingatkan supaya jangan tergesa-gesa menyalahkan orang Muslim ataupun Arab atas kekejian itu.
Di Timur Tengah, pemimpin Palestina Yasser Arafat mengatakan serangan-serangan yang terjadi di Amerika Serikat sukar dipercaya dan mengatakan ia mengutuk serangan itu sepenuhnya. Ia mengatakan sudah mengirim ucapan belasungkawa kepada presiden Bush dan rakyat Amerika atas nama semua orang Palestina. Pada waktu sama, beberapa orang Palestina di kamp pengungsi di Lebanon juga memberikan komentarnya. Grup militan Islam Jihad menyebut serangan itu adalah akibat kebijakan Amerika di Timur Tengah. Dua faksi Palestina yang lain, Front Demokrasi bagi Pembebasan Palestina dan Front Rakyat bagi pembebasan Palestina, segera membantah laporan-laporan siaran sebelumnya dari Abu Dhabi bahwa mereka telah menyatakan bertanggung jawab atas serangan Amerika itu.