Pemerintahan Bush menyangkal tuduhan seorang mantan pejabat Gedung Putih bahwa AS mengabaikan ancaman dari al-Qaida sebelum serangan teroris tanggal 11 September 2001. Mantan penasihat Presiden Bush untuk urusan perlawanan terhadap terorisme, Richard Clarke, mengungkapkan dalam sebuah buku baru bahwa Bush telah melakukan "pekerjaan yang buruk" dalam mempertahankan negeri ini dari kelompok teroris. Clarke mengungkapkan Bush lebih suka mengaitkan serangan teror tsb kepada Iraq daripada mencari bukti yang berkaitan dengan al-Qaida. Penasihat keamanan nasional Bush, Condoleezza Rice, dan beberapa pejabat senior lainnya membantah tajam tuduhan tsb. Kata Rice, rencana untuk melenyapkan kelompok al-Qaida pimpinan Usama bin Laden telah dirancang jauh sebelum terjadi serangan terhadap New York dan Washington.