Presiden Indonesia Megawati Sukarnoputri telah menghimbau TNI agar mengakhiri keterlibatannya dalam politik, dan memusatkan perhatian pada pertahanan nasional. Dalam sebuah upacara di Jakarta hari ini dalam rangka memperingati ulang tahun ke 56 TNI, Presiden Megawati Sukarnoputri mengatakan keamanan dalam negeri menjadi tanggung jawab polisi. Kelompok militer di Indonesia, yang mendukung pemilihan Presiden Megawati bulan Juli lalu, memiliki sebuah struktur teritorial yang menyaingi pemerintahan sipil. TNI juga memiliki kursi di parlemen, dan menguasai sejumlah bisnis yang menghasilkan dana untuk kepentingan militer.
Presiden Megawati mengatakan militer harus memiliki pengertian yang baik mengenai hak azasi, dan menggunakan pengetahuan seperti itu untuk melindungi penduduk sipil. Fihak militer Indonesia terlibat dalam operasi anti separatisme di Aceh dan Irian Jaya. Organisasi HAM selama ini telah menuduh TNI melakukan pelanggaran HAM yang serius. TNI dibentuk segera setelah Indonesia memproklamirkan kemerdekaan dari penjajahan Belanda pada tahun 1945. TNI merupakan tulang punggung dari perjuangan kemerdekaan RI, dan kemudian menjadi kekuatan utama dalam kehidupan politik negeri ini. TNI memperoleh kekuasaan politik yang besar selama pemerintahan Presiden Suharto, yang mengambil alih kekuasaan setelah AD menggeser Presiden Sukarno, ayah Presiden Megawati dari kekuasaan.