Seorang mantan penasihat tertinggi Gedung Putih mengatakan Pemerintahan Bush mengabaikan ancaman al Qaida sebelum 11 September 2001. Richard Clarke, mantan kepala pembantu Presiden Bush urusan terorisme, mengatakan kepada jaringan televisi CBS bahwa sejak mulai menjabat presiden, Bush dan para pembantunya lebih memfokuskan pada penanganan terhadap pemimpin Irak Saddam Hussein. Ia mengatakan akibatnya, team Bush tidak memberikan perhatian yang cukup pada informasi intelijen bahwa al Qaida sedang merencanakan serangan besar. Seorang anggota Dewan Keamanan Nasional menolak tuduhan Clarke itu. Ia mengatakan dalam bulan-bulan sebelum 11 September, Presiden Bush telah mengemukakan keprihatinan mengenai serangan di daratan Amerika Serikat dan memerintahkan badan-badan intelijen Amerika untuk menyelidiki kemungkinan itu.