Sebuah organisasi HAM Indonesia telah menuduh pihak militer dan polisi melakukan pelanggaran HAM terhadap penduduk sipil selama terjadi 2 insiden di pedalaman propinsi Papua. Komisi HAM Nasional Indonesia mengatakan pelanggaran-pelanggaran itu terjadi pada serangan-serangan tahun 2001 dan 2003 di Papua, di mana kelompok separatis telah aktif selama bertahun-tahun. Komisi tsb menuduh tentara dan polisi Indonesia menyiksa dan membunuh banyak penduduk sipil dan menahan orang-orang tanpa surat perintah resmi. Pihak militer Indonesia belum mengomentari laporan komisi tsb.