Pemerintahan Bush sedang berusaha memulihkan sebagian hubungan militer dengan Indonesia. Wakil Menteri Pertahanan Amerika Paul Wolfowitz mengatakan Amerika Serikat perlu membantu negara muslim yang berpenduduk paling besar di dunia itu dalam reformasi militernya, supaya negara tersebut dapat menjadi teladan bagi negara-negara Islam lain. Wolfowitz mengatakan demikian dalam konferensi keamanan Asia yang berakhir hari minggu. Amerika Serikat memutuskan kerjasama militer dengan Indonesia setelah milisi yang dibantu TNI menghancurkan sebagian Timor Timur ketika referendum kemerdekaan diadakan. Sementara itu, gagasan pemulihan hubungan militer telah menimbulkan keprihatinan organisasi-organisasi hak asasi manusia.