Pakar-pakar hak asasi menyatakan keprihatinan atas diperluasnya kekuasaan dinas penyidik federal, FBI dalam usahanya melawan aksi-aksi terroris. Kekuasaan FBI yang diperluas itu mencakup pemantauan kegiatan internet serta acara-acara terbuka, seperti kegiatan yang diadakan di mesjid-mesjid. Tapi para pendukung hak asasi khawatir peraturan baru itu akan melanggar berbagai hak kebebasan rakyat, termasuk kebebasan untuk menyatakan pendapat. Kelompok hak asasi American Civil Liberties Union menuduh pemerintah Amerika agaknya berusaha untuk mengalihkan sorotan umum bahwa FBI telah melakukan kesalahan menjelang serangan 11 September. Kelompok Arab-Amerika mengatakan, kehadiran agen-agen FBI di mesjid hanya akan mencemarkan kesucian agama. Kecaman atas FBI hari Jumat mencapai rekor baru, ketika harian terkemuka Wall Street Journal menyerukan supaya direktur FBI Robert Mueller mundur. Kata harian itu, Mueller harus turun bukan karena dia semestinya bisa mencegah serangan 11 September, tapi karena adanya usaha mengalihkan tanggung-jawab setelah peristiwa itu terjadi.