Menteri Pertahanan Indonesia memperingatkan Menteri Pertahanan Amerika Donald Rumsfeld supaya jangan campur tangan dengan pemerintah-pemerintah Asia dalam upaya anti-teror mereka. Sewaktu pembicaraan hari Selasa di Jakarta,
Menteri Pertahanan Juwono Sudarsono memberitahu Menteri Rumsfeld bahwa biarpun pengaruh Amerika sebegitu besar, hendaknya Amerika membiarkan pemerintah-pemerintah setempat untuk menerapkan langkah-langkah anti-terorisme mereka sendiri. Rumsfeld juga hari Selasa bertemu dengan Presiden Susilo Bambang Yudhoyono dan pejabat-pejabat senior lainnya untuk pembicaraan tentang memoerkokoh hubungan militer.
Washington memutuskan kontak militer dengan Jakarta tahun 1999, setelah adanya tuduhan bahwa beberapa perwira Indonesia melakukan pelanggaran HAM di Timor Timor, Namun, akhir tahun lalu, Amerika memulihkan sebagian bantuan militer kepada Indonesia.