Presiden Susilo Bambang Yudhoyono mengatakan hubungan antara Indonesia dan Australia memasuki tahap sulit karena keputusan Australia memberikan visa kepada warga Papua pencari-suaka. Kepada wartawan hari Senin, Yudhoyono mengatakan keputusan Australia itu tidak betul dan menimbulkan pertanyaan mengenai perjanjian kerjasama menyangkut imigran gelap.
Katanya, Indonesia menginginkan hubungan dengan Australia dan negara-negara lain tanpa mengorbankan kedaulatan ataupun harga-dirinya. Indonesia memanggil-pulang dutabesarnya dari Canberra bulan lalu, setelah Australia memberikan visa kepada 42 pencari-suaka dari provinsi Papua.
Kelompok pencari suaka itu menuduh militer Indonesia melakukan genosida di Papua, tuduhan yang dibantah Indonesia. Hubungan semakin memburuk pekan lalu sewaktu suratkabar-suratkabar Indonesia dan Australia saling memuat karikatur cabul pemimpin kedua negara.