Indonesia menyatakan pihaknya tidak akan menggubris surat perintah penahanan internasional atas mantan panglima angkatan bersenjatanya berserta tujuh orang lagi yang dituduh melakukan kejahatan terhadap kemanusiaan sehubungan dengan tindak kekerasan sekitar pemungutan suara bagi kemerdekaan Timor Timur tahun 1999. PBB hari Selasa mengumumkan pihaknya telah mendakwa ke delapan orang itu di pengadilan di Dili. Mantan Panglima TNI Jenderal Wiranto, mantan gubernur Timor Timur Abilio Soares, dan enam perwira militer dituduh membunuh, mendeportasi dan menindas para pendukung kemerdekaan sebelum dan sesudah jajak pendapat itu. Kabar mengenai dakwaan itu diperoleh sementara para pejabat Timor Timur menyalahkan milisi anti-kemerdekaan atas serangan hari Senin yang menewaskan dua orang dan melukai empat lagi di daerah perbatasan Timor Barat.
Sementara, TNI telah menarik keluar dari provinsi Papua satuan KOPASSUS yang beberapa anggotanya diadili atas pembunuhan seorang pemimpin pro-kemerdekaan. Jurubicara TNI mengatakan semua anggota KOPASSUS yang berjumlah 250 di provinsi Papua sudah ditarik keluar. Tujuh anggota KOPASSUS diajukan ke depan mahkamah militer atas tuduhan pembunuhan terhadap Theys Eluay pada bulan November 2001. Eluay ditemukan tewas di mobilnya sehari setelah diculik seusai makan malam di markas KOPASSUS di ibukota provinsi itu. Dalam perkembangan lain, suratkabar Washington Post meralat berita yang dimuatnya mengenai serangan dekat perusahaan Amerika Freeport Cooper and Mine pada tanggal 31 Agustus tahun lalu. Berita itu menuduh beberapa perwira tinggi TNI merencanakan serangan itu, tetapi suratkabar itu kini mengatakan berita itu tidak bisa dibuktikan. Militer Indonesia mengancam akan menuntut ganti rugi jika Washington Post tidak meralat berita itu.