Presiden Filipina Gloria Macapagal Arroyo dan Kardinal Jaime Sin memimpin misa di Kathedral Manila hari Ahad, mendoakan para korban serangan teroris di New York dan Washington. Dua warga Filipina dikukuhkan tewas dalam serangan itu dan lebih dari 100 warga Filipina masih belum diketahui nasib mereka. Presiden Arroyo berjanji akan memberikan dukungan sepenuhnya kepada AS dan usaha-usahanya menemukan pelaku serangan itu. Tetapi, sikap itu mendapat kecaman. Senator Gregorio Honasan dari oposisi mengatakan Presiden Arroyo mungkin menempatkan negara dalam bahaya. Ia mengatakan memberikan dukungan militer mungkin membahayakan jiwa rakyat Filipina.
Sementara itu, pasukan pemerintah menangkap tiga gerilyawan Abu Sayyaf, termasuk seorang pemimpin organisasi itu. Pihak militer mengatakan gerilyawan dihentikan oleh tentara di tempat penjagaan di pulau Basilan, di Filipina Selatan. Kelompok gerilyawan separatis Muslim masih menahan 18 sandera, termasuk suami-istri misionaris Kristen Amerika, Martin dan Gracia Burnham. Pejabat-pejabat militer mengatakan Abu Sayyaf terkait dengan Osama bin Laden.